La Capilla se halla en la cabecera de la nave de la Epístola. Se cierra por medio de magnífica reja del siglo XVII. La Capilla se construyó en el siglo XVI (1584) y consta de dos tramos, cubierto el primero por una pequeña cúpula elíptica con linterna y el segundo por una cúpula semiesférica que apean sobre pechinas. Un arco toral separa los dos tramos y de él cuelgan unos ángeles lampadarios (siglo XVIII). Este recinto en la antigüedad estaba subdividido realmente en dos capillas; una al fondo, con entrada por el Altar Mayor, donde se veneraba la Virgen del Rosario. Cuando le fue cedida a la Hermandad figuraba en ella el Señor de la Divina Misericordia, ya que dicha Virgen pasó a presidir la Capilla Sacramental en el siglo XIX (1885); otra, delantera, en la que en un altar se veneraba una pequeña imagen de la Inmaculada, ahora en el Retablo Mayor. Anteriormente, en esta primera capilla estuvo colocado el relieve del Descendimiento.
La Capilla le fue cedida a la Hermandad en 1946 y fue restaurada bajo la supervisión del arquitecto José Granados, y posteriormente por los hermanos Arrieta Viñals en 2001. Sus paredes están recubiertas por un bello zócalo de azulejos, realizado por Hernando de Valladares (1602). Figuran en él escudos de los Ponce de León, patronos de la Capilla, y su tipología es similar a otros paños de azulejos que se encuentran en el Alcázar y en diversas iglesias sevillanas.
El retablo de la Capilla es de estilo Barroco, dorado, del siglo XVIII, como lo delatan sus estípites. Se desconoce de donde procede, ya que aparece cortado y adaptado a las dimensiones del lugar que ocupa. Fue recompuesto en 1785. Tiene dos cuerpos, divididos en tres calles. En el ático aparece un tondo con el Crucificado, Cristo en la Cruz; mientras que en las calles laterales hay diferentes lienzos con temas marianos: Desposorios con San José, Nacimiento de Jesús, Anunciación y Presentación en el Templo. Obras de escuela sevillana, coetáneas del retablo.
En el año 1996 y durante la restauración de la parroquia fueron sustraídas dos de ellas (El Nacimiento y La Anunciación) que han sido sustituidas tras la reapertura de la misma por dos lienzos representando a San Isidoro y San Juan Bautista, obras del pintor contemporáneo R. Navas. La calle central, que se adelanta respecto a las otras, está presidida por un camarín en el que se veneró hasta el cierre de la parroquia en 1994, la imagen de María Santísima de los Dolores, pues la de Nuestro Padre Jesús de la Penas no cabía en el mismo. Encima, a considerable altura, pues el segundo cuerpo de la calle es superior al de las laterales, se enmarca un lienzo pictórico representando a Cristo Crucificado, con sudario de amplio movimiento. Remata el cuerpo, encima de la cornisa, el anagrama de María, orlado de resplandores en dorado y dos grandes jarras de flores sobre molduras que arrancan del segundo cuerpo. Las calles laterales rematan también en jarras.
Tras la restauración de 2001, se ha cerrado el camarín y se ha situado delante del Retablo, en un pedestal de mármol la imagen de Nuestro Padre Jesús de las Penas, colocándose la Virgen de los Dolores, en otro pedestal marmóreo, en el lado de la Epístola de la Capilla, en el lugar que antaño y hasta 1994 ocupara el Señor de las Penas, y en el lado del Evangelio, frontero a Ella la nueva talla de San Juan Evangelista, en similar disposición, ambos enmarcados por unos arcos dorados y forrados de terciopelo granate.
Las Penas: